По умолчанию все юрлица, в том числе и БФ, должны применять общую систему налогообложения, если они не перешли на спецрежим. Соответственно, система налогообложения благотворительного фонда определяет, каким требованиям НК РФ он должен следовать и налогоплательщиком чего он является.