По общему правилу возвращать пошлину должен орган, который совершает те действия, за которыми обратилась компания. Об этом сказано в п. 3 ст. 333.40 НК РФ. Но для судебной пошлины в том же пункте предусмотрено исключение. Заявление о ее возврате подают в налоговую инспекцию по месту нахождения суда.