Подавать регистрационные документы на открытие ИП надо в ту налоговую, которая занимается регистрацией, и к которой вы относитесь по прописке. Кроме нее есть еще территориальные ИФНС. Они не регистрируют новые организации, а принимают отчётность от уже существующих.